1999年，长野县长野市松代的皆神山座落着一座私立学院。这座学院因为接二连三发生奇怪现象，被周围的人称作“超自然学院”。这座学院的校长和学生都夜以继日的研究这些奇怪现象。校长去世后，非常讨厌“超自然”的神代玛雅接替了他的位置，她遇见了从2012年穿越来的内田文明。这之后，他们二人不断遭遇学院内的奇怪现象，最后终于得知了内田文明回到1999年的理由。