剧情接续上集，描述因高大外墙遭到超大型巨人破坏，前往执行修复作战的艾连一行人，陷入被残酷巨人无情袭击的险境。幸赖有「人类最强男子」之称的调查兵团队长敷岛将他们从危机中解救出来，艾连却为救出巨人口中的阿尔敏，反被巨人吞噬。就在众人绝望之际，艾连突然变身谜样的巨人，开始反击其他巨人。究竟艾连为何能变身？米卡莎又为何神秘出现？巨人从何而来？人类又为何而战？人类最终的逆击即将展开，连串惊人的谜团，也将首度揭晓！