1940年，马本斋指挥部队使用围点打援战法取得衡水康庄战争的胜利，又组织精干的小分队巧取深县榆科伪军据点，巩固了队伍。1941年，日军血洗东辛庄后抓住马母，为了不让敌人利用自己牵制儿子，马母痛骂汉奸绝食而死。马本斋得知后抑制着悲愤的感情，识破敌人的一次又一次诱降骗局。 1942年6月，马本斋率回民支队转移到冀鲁豫边区。后任八路军冀鲁豫第三军分区兼回民支队司令员，采用游击战术，率部在冀鲁豫平原上进行了大小数百次的战斗，取得了“反扫荡”战斗的多次胜利。